Una buena explicación de los diferentes formatos a guardar en Illustrator. (está en Inglés).

Illustrator File Formats explained

Aquí una breve traducción:

Adobe Illustrator (.ai)
Formato nativo de Illustrator, solo este programa lo puede editar. Se basa en el formato PDF, pero Acrobat no lo lee correctamente. Cuando se guarda como .ai se puede editar al 100%, se mantiene la transparencia y guarda una previsualización al estilo PDF 1.4
Este formato es el mejor para trabajarlo en forma personal y es ideal para usarlo en InDesign y Photoshop.

Illustrator EPS (.eps)
Este formato (Encapsulated PostScript) es un estándar gráfico desde hace mucho tiempo. No soporta transparencias con respecto a otras aplicaciones gráficas, así que si se utiliza una transparencia se aplanará “flatten”, para que se pueda importar en otro programa.
Al guardarlo como .eps la mayoría de los efectos se expanden y el texto se puede separar para aplanar el documento. Illustrator guarda una copia .ai dentro del documento .eps por si se desea editar en Illustrator.
La mayoría de las personas que trabajan con InDesign y “Smart Objects” en Photoshop, prefieren el formato .ai en lugar del .eps.
Los usuarios de QuarkXpress todavía trabajan en gran medida con el formato .eps

Adobe PDF (.pdf)
Se guarda un PDF con una copia incorporada del formato nativo .ai, sin aplanar, claro que al momento de salvar se marca la opción de “Preserve Illustrator Editing Capabilities”. Si no se aplica esto, el documento baja de tamaño, pero la edición es más difícil. El texto en este formato es difícil de editar, los efectos se aplanan, etc.

Illustrator Template (.ait)
Sirve para crear una plantilla.

SVG Compressed (.svgz) and SVG (.svg)
Scalable Vector Graphics es un lenguaje en forma de XML para describir una gráfica vectorial en dos dimensiones, puede ser en forma estático o de animación. Se considera un estándar del World Wide Web Consortium.
El formato SVG puede contener formas y trazos vectoriales, imágenes “rasterizadas” y texto.

Opciones para Exportar
Se puede exportar en forma de .jpg, .png, .swf (Flash), .bmp, .tif, .txt (formato de texto), .wmv (Windows meta file) y .dxf (AutoCAD Interchange Format).